2,说到肿瘤基因检测,大家必定会说到panel,那么panel到底是个啥东西?
Panel其实是NGS(二代测序,高通量测序技术)技术发展起来的一个词语,主要指同时检测多个基因、多个位点。基因检测的Panel官方称之为“基因包”,也可以称之为“基因组合”,商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。
就基因Panel本身来说,其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个Panel,几十个基因也可以是一个Panel,几百上千个基因也可以是一个Panel。就Panel大小来说,不仅需要看检测基因的数目,还需要看基因所覆盖的区域大小。
3,说到肿瘤基因检测Panel,通常都会提及测序覆盖度、测序深度、有效测序深度、灵敏度、特异性、检测限,这些到底是个啥?
测序覆盖度指测序获得的序列占整个panel基因组size比例。由于Panel基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序,覆盖度是99%的话,那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的,Gap就是1%。
测序深度指测序得到的总碱基数/待测基因组大小,它是评价测序量的指标之一。假设一个panel的size为2.0M,测序深度为X,那么获得的总数据量为1.0G。它的测序深度=总数据量1.0G/panel大小2.0M=X)。
有效测序深度:不等同于测序深度,是指可信的去除重复序列(dup)后目标区域的平均深度。比如2.0M的PanelSize,下机数据量1.0G,有50%数据落在目标区域(ontarget),50%为重复序列,那么其测序深度为X(1.0G/2.0M),有效深度仅为X(1G*50%*50%/2.0M)。
灵敏度(sensitivity):指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式:灵敏度(Sen)=a/(a+c)%。
特异度(specificity):指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式:特异度(Spe)=d/(b+d)%。
灵敏度和特异性计算参考表
检出限(LOD):Limitofdetection,是指样品中分析物可被检出的最低的含量,此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。
4,提高测序深度会不会提高检出限(LOD)?
提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性,同时提高检出限,但不能突破极限检出限。在DNA量一定的情况下,满足一定量测序深度后,检出限存在理论极限值,单纯通过增加测序深度并不能降低检出限,盲目加大测序深度只会产生更多的重复(duplication),造成数据浪费,所以测序深度并非越深越好。比如ctDNA上样量为33ng(00拷贝),文库构建转化率50%,就是0个拷贝,测序深度增加再深,理论上最多也只能测出0个拷贝,LOD也不可能达到万分之一的。
5,肿瘤基因检测技术中,对于Reads,RawReads及CleanReads是如何进行理解的?
Reads:高通量测序平台产生的序列就称为reads。
RawReads:原始下机数据称为RawReads(Rawdata)。
CleanReads:通过生物信息的方法,去除一些质量差的reads(比如测序错误,长度小于20的reads,接头序列,UMI序列等),得到CleanReads(Cleandata)。
6,肿瘤基因检测,对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢?
毋庸置疑,组织应该是金标准,有组织的情况下,肯定组织优先。按照检出率的话,新鲜组织石蜡切片胸腹水上清胸腹水细胞外周血。不过做肿瘤基因检测的话,最主要的还是要考虑临床取样的便捷性!
7,无法取到组织的时候,什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢?
无法取得组织的话,最好是临床处于中晚期(临床III期后)的患者才适合用外周血进行基因检测,同时,外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测,放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。
8,在使用肿瘤大panel做肿瘤用药或TMB检测的时候,是否需要提供外周血作为对照呢?
最好提供外周血进行对照,这样可以确保检测出的基因变异都是肿瘤细胞特有的。有的公司是通过公共的SNP数据库进行过滤,比如0g,ExAC_ALL,gnomAD,这些SNP数据其实绝大多数都是外国人的,中国人群自己的SNP数据则是非常少的,如果保证种系变异能够精准的过滤,最好还是提供外周血作一个对照吧!
9,做肿瘤基因检测的话,是不是panel越大越好呢?
其实,每种肿瘤基因检测产品(大中小panel)都有自己的优势,在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候,可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候,尤其是耐药的患者,基因突变比较复杂紊乱,可以选择更大的基因panel去检测。如果需要进行免疫治疗,想检查TMB,MSI及MMR的情况,也可以选择大panel进行检测,总之一句话,根据具体的情况来吧,比如肿瘤的类型,检测的目的及意义,经济压力,消费能力等。
10,是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测?
不是的,这个之前也说过很多次。目前有接近一半的的靶向药,比如CDK4/6靶点的靶向药,索拉非尼、瑞戈非尼、卡博替尼等多靶点的抗血管生成靶向药物,使用前无需做基因检测。大家也可以去翻阅年9月21日,国家卫健委(原国家卫计委)发布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导远侧(年版)》。
不过,对于有明确疗效/耐药靶点的药物,须遵循基因检测后才可使用!不得在未做相关基因检测的情况下盲目用药哦!!!
此篇文章属于转载文章,来源:基因谷。订阅号若有侵权或转载限制请联系我们(或在
转载请注明:http://www.0431gb208.com/sjszlfa/784.html