组织的切片质量好坏、是否利于切片，完全依赖于组织处理的每一个步骤，而每一个步骤的质量又与前一个步骤密切有关。一般要先取材→固定→透明→包埋→切片，最后进行染色组化等操作。最容易毁坏组织切片的步骤是不合适的组织包埋，即组织不合适的摆放和不合适的排列方向。
动物组织片包埋可分为OCT包埋（冰冻切片）与石蜡包埋。将组织块放入盛有蜡液的模具中，所需组织切面与底部平行，因蜡液在冷环境中易凝固，此步尽量要快。包埋用的石蜡因为要用于切片，对其质量和纯度和硬度的要求比较高，一般采用徕卡高熔点58-60℃的片状石蜡。
石蜡包埋是一种常规包埋法，其独特优点是能切出极薄的蜡片（2～10μm），所制作的切片能连成蜡带，便于制作连续切片，而且操作较容易，组织块可以包埋在石蜡中长期保存。
包埋操作时具体的注意事项:
1用塑料包埋盒包埋组织时，应注意待包埋模型底部石蜡开始凝固后，盖上包埋盒，待其四周凝固后，进行二次加蜡。这样做的目的是使包埋盒与组织蜡块接触更加稳固，减少和防止切片时产生振颤或包埋盒与组织蜡块脱落。
皮肤组织切片2包埋时组织要尽量平整
3取出包埋盒内的组织，校对正确后用干净的热镊子将所有组织悉数放入模型的底部，待组织与模型内的蜡液充分融合后，按要求排列后迅速移动模型至冷台，底部石蜡刚开始凝固，用镊子轻压组织数秒，待组织埋平后，迅速盖上包埋盒注上蜡液，10～15s后等包埋盒与模型周边的蜡液凝固时，再次补充注入少许蜡液，以增加包埋盒的稳固性
4包埋模具中的石蜡不要灌注过满，以塑料盒的1/3
5包埋用石蜡必须定期过滤，蜡温应控制在62℃左右。
6组织包埋完成后必须进行清点蜡块数量，以防组织块在脱水、包埋过程中遗失.
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