生物样本库BS小组
摘要：
方法：福尔马林固定、石蜡包埋的肾活检组织来自国家肾脏疾病临床医学研究中心（医院）。从24例储存5年和10年的IgA肾病肾活检组织提取RNA。提取所用的两种试剂盒分别来自Ambion和Qiagen公司。RNA定量采用Nanodrop测定，RNA的质量用A/、RNA完整性系数（RIN）及实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）来评估。18SrRNA的两种不同扩增长度（18S-1，86bp；18S-2，bp）用于衡量RNA降解程度，Ct值越低说明RNA降解的越少。
结果：两种试剂盒提取的RNA片段多数均短于bp，RIN（2.3±0.2versus2.4±0.4）或纯度（A/A,1.54±0.14versus1.50±0.18）没有差异。但使用Ambion试剂盒比Qiagen提取的RNA浓度有增高的趋势，但差异并未达到统计学意义(4.35±1.9ng/ul比2.65±0.72ng/ul),即versusng/5um,p=0.09)。使用Ambion提取的18S-1和18S-2平均Ct值分别是21.66±1.12versus22.02±0.49，使用Qiagen提取的18S-1和18S-2平均Ct值是22.71±1.03versus24.42±0.79，可以看出较长的18S-2片段比较短的18S-1有更高的Ct值。两种试剂盒进行比较，使用Qiagen试剂盒比使用Ambion提取的18S-1和18S-2扩增片段均有更高的Ct值（更高的的Ct值提示有较多的RNA降解），且这种差异具有统计学意义(p0.03[18S-1]和p0.[18S-2])。保存了5年和10年的肾活检组织中提取的RNA，不论是以RIN，18S-1qPCRCt值(17.3±1.1)versus17.4±0.7),还是RNA纯度(A/1.33±0.1versus1.33±0.04)来衡量，其质量没有明显不同。然而，保存10年组织中提取的RNA浓度比5年的要低(10.9±0.3ng/ulversus12.7±2.2ng/ul,即versusng/5um切片,p=0.01)。保存10年组织扩增的肾小球特异表达基因synpo和肾小管特异表达基因ctnnb1的平均Ct值分别是35.97±0.3和35.10±0.4，保存了5年扩增的synpo和ctnnb1基因的平均Ct值分别是35.73±2.0和35.87±1.8，两者间没有统计学差异。
结论：我们更倾向于使用Ambion试剂盒来从福尔马林固定、石蜡包埋的肾活检组织中提取RNA。储存时间从5年延长至10年会减少从肾活检组织中提取的RNA量，但其质量并没有降低。
编者按：本文对库存石蜡包埋肾活检组织切片进行RNA抽提，比较了两种RNA提取试剂盒和不同保存时间对RNA的影响。结果显示，室温保存5年以上的石蜡包埋肾活检组织提取的RNA大多降解为bp以下。相比Qiagen试剂盒，Ambion试剂盒更适合于提取肾活检组织RNA。保存10年标本所获得的RNA比5年的更少。
作者：LuY,etal.
编译：窦为娟
校审：郑春霞
原文：
RNAExtractedfromFormalin-Fixed,Paraffin-EmbeddedRenalBiopsyBiospecimens:AnEvaluationofAlternativeExtractionKitsandtheEffectsofStorageTime.BiopreservBiobank.Apr20.doi:10./bio..3.[Epubaheadofprint]
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