在DAB显色后封片前常常需要用苏木素染细胞核，以方便后续观察结果时帮助判断信号在细胞中的定位。或者，在只需要观察组织中细胞的排列、细胞的形态时，并不进行抗体杂交和显色，而只需要使用苏木素使细胞核呈蓝紫色，联合染色使细胞质和细胞外基质呈红色。HE染色是石蜡切片技术里常用的染色法。
细胞中细胞核含有酸性的核酸，它与碱性染料（苏木素）的亲和力强，细胞质则含有碱性物质与酸性染料亲和力较强。因此组织切片经HE染色后，细胞核被苏木素染成蓝紫色，细胞质、肌纤维、胶原纤维则呈现出不同程度的红色。
烤片温度过低，时间不够，导致脱蜡不彻底，切片留存白色斑点
染色后切片脱水时间不合理，切片上残留水分，使切片雾化，需要优化脱水的梯度乙醇时间，切片经过低浓度时时间要短，向高浓度逐渐延长脱水时间
盖玻片上残留封固剂，导致切片不清晰，需要重新封片解决
组织标本已发生自溶或取材后没及时固定或固定液浓度不够；另固定前干枯标本，染色后易出现灰染现象，很难补救。
固定剂对组织有一定媒染作用，它既可与蛋白结合又能与染料结合，可增强着色能力，同时能沉淀和凝固细胞内成分，使细胞内成分产生不同折光率造成光学差异。故固定不良是造成切片染色模糊不清的主要原因。
在日常病理制片中淋巴结处理不当造成切片染色后组织见发灰现象，其主要原因由于细胞密集，结构复杂导致固定液难以渗透到组织深部，从而造成组织中央固定不佳，而出现彻底发灰现象。可用等量无水乙醇乙醚混合液处理切片5-10分钟，乙醇洗，水洗，3%硫酸铁铵溶液补充媒染5分钟既可。
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