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白皮书下载病毒测序的质量控制步骤

来源:石蜡 时间:2022/8/6
北京皮肤病医院 http://baidianfeng.39.net/a_zhiliao/150708/4652392.html
跟着年SARS-CoV-2的暴发,迅速、高通量地辨认和探测病毒的高通量测序技艺仓卒成为扶助知道病毒传达所在和传达速率的必备办法。病毒测序关于探测以及追踪、监测和辨认新变异必不行少。二代测序(NGS)已占有多种老练的运用计划,而品质掌握环节关于断定肇端核酸和文库的完好性、分子量和浓度相当严重,也许保险胜利的测验与牢靠的测序成绩。在本白皮书中,经过对各样文件的检索,整治并展现了安捷伦主动化电泳系统是何如集成到从低通量到高通量的病毒测序NGS处事过程中,扶助实行高效、褂讪的样本德量掌握(QC)。

经过本书,您将知道到:

何如评价病毒RNA讨取过程

病毒DNA或cDNA的品质掌握

片断化和文库建立的品质掌握

病毒变异探测的品质掌握

病毒探测中的品质掌握

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当今,科学家已开采出多种测序法子,也许探测繁杂生物模范中的已知病毒和新式病毒。测序数据的牢靠性和品质很大水平上取决于肇端材料的完好性和文库制备经过。病毒基因组由单链或双链RNA或DNA构成,其巨细和构成也许千差万别。时常,病毒核酸与宿主基因组一同讨取,此中病毒成份的含量相对较低。由于病毒和宿主基因组特别不同,很有须要优化从宿主核酸中讨取病毒核酸以及独自扩增病毒基因组的计划。正常而言,对各式原因的肇端DNA和RNA举办品质掌握(QC),有助于断定哪些模范合适测序。此中包罗审查肇端核酸的完好性、分子量和浓度。现有的各式讨取法子和试剂盒会在所讨取核酸的分子量、散布和浓度方面引入较大的变异性。是以,用于二代测序解析的核酸肇端材料的完好性也许存在很大的不同。譬喻,原因于福尔马林牢固白腊包埋(FFPE)结构和旧材料的样本偶尔因化学牢固、寄放工夫、温度抬高或紫内线辐射而降解。而且,RNA和DNA还简单因酶解和管教欠妥而降解。另外,生物模范的采集、管教、积存和输送平解析前过程会影响核酸的完好性。假如模范形成显然降解,仅存在小片断,则会致使测序数据欠安、标的编码地区遗失以及全长RNA和gDNA序列呈现缺口。管教经过和处境影响永恒无奈获得全部掌握,而且影响样实品质的成分特别多,是以特别有须要监测肇端材料的品质。

安捷伦供应一系列主动化电泳仪器,包罗生物解析仪、片断解析仪和TapeStation系统,它们均是核酸品质掌握的志愿抉择。模范探测的成绩会主动显示在数字化胶图、电泳图以及包罗分子量、浓度和摩尔浓度音信的表格中。每台仪器仅需–2μL样本便可举办解析,也许俭朴原始核酸模范以用于病毒测序解析。仪工具备高智慧度,也许探测极低浓度的样本。不论是低通量依旧高通量测验室,安捷伦全系列主动化电泳仪器总能知足用户的须要。

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