香菇属好氧真菌，在生命活动过程中，不断吸进氧气，放出二氧化碳。菌丝短期缺氧时，虽能借助酵解作用暂时维持生命活动，但要消耗大量营养物质，菌丝会逐渐衰弱老化，缩短寿命。菌丝严重缺氧时，其生长会受阻，同时由于菌丝难以覆盖培养料，还容易感染杂菌。因此，香菇菌棒在培养阶段，必须刺孔，通过刺孔使菌丝吸氧充分，并使其生长处于活跃状态，代谢活动加强，保证菌丝健壮生长。
刺孔应掌握的原则是：做好工具消毒，先少后多，先浅后深，先细后粗，在料面结合紧密处刺，不能带起薄膜，不能触及生料。不能在瘤状物上刺，不能在杂菌感染处刺，气温在30℃以上时不刺，料袋过松不能刺小孔，待菌丝长满袋再刺孔，大袋、湿袋适当多刺孔。
刺孔的时间或方法：
培菌中期
在接种后的10～25天，菌丝在一定的外界条件下缓慢生长，当接种口菌丝生长至直径6～8厘米大小时，接种孔为石蜡或纸胶布封口的菌棒，因塑料袋的阻隔，接种口又被封死，袋内氧气严重不足，菌丝的生长速度会变得十分缓慢，前端菌丝生长变得纤细，有时甚至在接种口四周出现瘤状物，此时就必须进行刺孔通气，以增加袋内氧气，促进菌丝生长。而对接种孔没有封口或用套袋封口的，因氧气可以从接种孔进入，刺孔的时间则可以适当往后推，一般可在接种孔一面菌丝连接在一起时进行。刺孔方法是用约5厘米（1.5寸）长的铁钉或竹签在每个接种孔的菌丝生长末端以内2厘米处刺孔一圈，孔数6～8孔，整段菌棒的刺孔总数15～24孔。菇农习惯上把这一时期的刺孔通气称为通“小气”。
培菌后期
在菌丝已长满全袋至开始转色前的这一培菌期，菌丝生长极为旺盛，菌丝总量增长极快，对氧气需求也是成倍增长，此时必须加大刺孔量，以增加氧气供应，满足菌丝生长要求，菇农称这一时期的刺孔通气为“放大气”。“放大气”一般在菌丝长满全袋后的5～7天时进行，刺孔时，环境温度应在25℃以下。
在实际生产中，大部分菇农是把菌棒挑到室外遮荫棚里越夏时进行刺孔通气的。通风条件较好的发菌室，也可放在室内进行刺孔，但要分批进行，并注意疏散通风。每段菌棒的打孔数量和深度要根据实际情况灵活掌握。这期间有些菌棒因缺氧和见光，表面形成瘤状物，若任其发展会把筒袋顶破，这时除对窗户进行遮光外，需沿瘤状物外围用5厘米铁钉或竹签刺孔一圈，数天后瘤状物就会软化，该部位整块转成褐色菌膜。如室内温度在28℃以上，一般不应刺孔通气，超过30℃时严禁刺孔通气，否则极易造成“烧菌”烂筒。
刺孔数量和深度可根据实际情况灵活掌握，最终目的是使菇木在出菇前菌膜转色厚薄适宜、含水量适中，使出菇前每段菇木重量保持在1.3～1.4千克左右。因此，对于含水量高（偏重）的菇木，可适当增加刺孔通气，孔也可深点，以加速水分散发，偏轻的菇木可提前移至湿度较高的菇棚中，刺孔后平放于地面，让其自然吸收水分，以期达到适宜的含水量。
在栽培实践中，我们还发现在一定的范围内，有刺孔通气多的菇木，头潮发生也多，但菇体偏小，而刺孔通气较少的菇木出菇量较少，但菇体大，菇肉厚的现象，这说明了菇蕾发生与刺孔通气有着直接关系，这种关系是通过刺孔通气来调节菇木含水量和氧气的供应量来实现的。因此，可以利用刺孔通气的多少来控制菇蕾的发生数量。一般说来，每段菇木的刺孔数量应控制在孔以内，以60～70孔最为适宜。
刺孔后的菌棒在刺孔通气操作中，无论是通“小气”还是通“大气”，在刺孔后3～10天菌丝生长都会非常旺盛，呼吸显著增强。这时候应注意观察，随时掌握室温和空气湿度，保证不发生烧菌。
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