单细胞+空间原位+超过基因
近期，NanoString的科学家团队公开发布了人类额叶皮层的CosMx?SMI单细胞空间原位数据集，供全球研究者使用。该数据集是全球首个包含多个基因的单细胞空间原位数据集。
单细胞空间原位6K数据集
CosMxHumanFrontalCortexFFPEDataset
基于CosMx?SMI单细胞空间原位分子成像系统，CosMxHumanFrontalCortexFFPEDataset数据集对人类额叶皮层FFPE样本中的个基因进行了单细胞分辨率的空间定位和原位表达分析*。该套数据集展示了CosMx?SMI在单细胞空间原位技术领域领先的数据表现和性能。超过个基因的单细胞空间原位检测方案，能在保留靶标基因在组织原位空间信息的基础上，实现前所未有的基因组覆盖度，支持研究人员透彻解析组织和细胞异质性，深刻洞察背后的生物学功能，发现重要的生物标志物。
CosMx6K数据集概览
*本套数据集所使用的基因的检测方案是即将推出的CosMx?Human6KDiscoveryPanel的预商用版。
CosMx?Human6KDiscoveryPanel的设计几乎涵盖了整个生物过程所涉及的所有通路，并在单细胞空间原位提供最深入的洞察力。不仅可以描绘全面精细的大脑单细胞空间图谱，高质量的单细胞组织分析还为发现大脑内新的生物学特性提供了丰富、可靠的信息，帮助我们加深对神经生物学的理解。
空间细胞图谱和细胞类型UMAP聚类
单细胞空间原位检测方案
CosMx?Human6KDiscoveryPanel
CosMx?Human6KDiscoveryPanel能让您在单细胞水平上对几乎整个生物学通路进行空间分析，所涵盖的基因靶标经过了充分验证，并具有简单的样本制备流程、直观易用的仪器操作和可靠稳定的系统运行等特点优势，全方位加速您的单细胞空间生物学研究。超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型，绘制单细胞空间图谱，对于细胞配受体检测、细胞通讯、细胞状态、细胞微环境表型分析和生物标志物发现也提供了强大的挖掘潜能。
全面的通路覆盖和稳定可靠的数据质量：
在单张载玻片上分析超过种RNA靶标，包含超过对配体-受体，全面剖析几乎所有生物学通路；
利用行业领先的细胞分割算法进行准确的单细胞边界识别和界定，保证后续单细胞原位蛋白分析的可信度；
设置多重阴性对照，增强您对数据质量的信心；
可定制添加多达个额外的RNA靶标；
利用交互式、易用的AtoMx?空间信息平台(SIP)开展数据分析和可视化。
01
绘制单细胞空间图谱
使用AllenHumanM1Atlas数据进行半监督细胞分型
02
揭示配体与受体的相互作用
发现不同类型细胞配受体的空间共定位共表达
在肝癌FFPE样本中发现不同类型细胞中配受体的空间共表达
03
发现稀有细胞，实现更精细的细胞分型
配体共定位识别人脑中的罕见细胞类型：SstChodl神经元
根据配体相关性矩阵构建的图谱网络，别出具有长程投射的非常罕见的皮层中间神经元。
对配体邻域表达谱的相关矩阵进行无监督聚类，以识别共定位配体群。其中一个配体集群由SST、NPY和CORT这3种配体组成，它们的邻域表达谱显示出很强的相关性。这3种配体的共同表达确定了一种罕见的细胞类型—SstChodl神经元。
04
发现新的生物标志物—PlexMatters!
使用CosMx?6KDiscoveryPanel可以对差异表达进行更全面的分析，并极大程度提高发现生物标记物的潜力
如两幅火山图所示，与CosMx?HumanUniversalCellCharacterizationRNAPanel相比，CosMx?Human6KDiscoveryPanel能识别出更多具有统计学意义和生物学意义的肾癌相关基因。
CosMx?SMI单细胞空间原位成像系统
CosMx?SMI是一个突破性的单细胞空间原位成像平台，结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力，能够对组织切片中种RNA和64种蛋白质分子进行单细胞和亚细胞分辨率的原位成像，支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。
众所周知，FFPE样本中的RNA和蛋白质通常质量较低，尤其是RNA往往降解严重，使得对于FFPE样本的分子检测分析极具挑战性。CosMx?SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理，并能够兼容多种组织类型（如新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）、组织芯片（TMA）、类器官等），在单细胞分辨率上实现RNA和蛋白质在组织细胞原位精细的可视化展示和精准的定量分析。
超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型，绘制单细胞空间图谱，详细展示细胞邻域和组织微环境，同时还支持细胞配受体检测，在真实的组织空间背景下推进您对细胞间相互作用、细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。
CosMx?SMI应用包括：
单细胞空间图谱：发现不同细胞类型，绘制其组织空间定位；
差异表达分析：基于空间背景的单细胞转录组差异表达分析；
解析细胞状态和细胞功能；
细胞邻域分析：组织微环境的空间表型；
细胞通讯：配体-受体相互作用；
转录本和蛋白的亚细胞定位；
生物标志物的发现和验证。
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