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摘要丨冻存器官和甲醛固定石蜡包埋组织中R

来源:石蜡 时间:2022/5/6
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冻存器官和甲醛固定石蜡包埋组织中RNA的定量表达

吕叶辉1,2,3,黎世莹2,李志宏1,

陶瑞旸2,3,邵煜2,胡茜1,

杨智昉1,陈忆九2,3

(1.上海健康医学院基础医学院,上海;

2.司法鉴定科学研究院上海市法医学重点实验室

上海市司法鉴定专业技术服务平台,上海;

3.四川大学华西基础医学与法医学院,四川成都)

摘要

目的:定量分析并对比冻存器官和甲醛固定石蜡包埋(formaldehyde-fixedandparaffin-embedded,FFPE)组织中核糖核酸(ribonucleicacid,RNA)的表达情况。

方法:选取不同死亡时间人体脑、心肌和肝组织的冻存及FFPE样本,提取并检测RNA质量浓度,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(reversetranscription-quantitativepolymerasechainreaction,RT-qPCR)技术分析各RNA指标的扩增效率及相对表达量。

结果:与冻存样本相比,FFPE样本中所提取RNA的质量浓度和完整性相对较低。各RNA指标扩增效率与RNA种类及扩增产物长度有关,其中扩增产物较长的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase,GAPDH)及β-肌动蛋白(β-actin,ACTB)扩增效率不理想,而5S核糖体RNA(5SribosomalRNA,5SrRNA)扩增效率理想且在各组织中表达稳定,故选为内参指标。较长死亡时间的冻存样本及FFPE样本中扩增产物较长的GAPDH及ACTB表达量下降,而组织特异性微小RNA(microRNA,miRNA)以及扩增产物较短的GAPDH和ACTB在同一组织冻存和FFPE样本中表达具有一致性。

结论:通过标准化RT-qPCR实验,选取合适的RNA指标及设计合适产物长度的引物,能够准确定量FFPE样本中RNA的表达水平。

关键词:法医病理学;核糖核酸;石蜡包埋;冷冻保存;反转录聚合酶链反应;核糖核酸完整性指数

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